Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp đồng thời phát sinh hoạt động chịu thuế giá trị gia tăng và hoạt động không chịu thuế giá trị gia tăng. Các khoản chi phí như tiền thuê văn phòng, điện, nước, Internet, phần mềm, dịch vụ kế toán, kiểm toán, chi phí quản lý hoặc tài sản cố định có thể phục vụ chung cho cả hai nhóm hoạt động.
Khi đó, toàn bộ thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn không mặc nhiên được khấu trừ. Doanh nghiệp phải hạch toán riêng hoặc thực hiện phân bổ theo tỷ lệ doanh thu để xác định chính xác số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.
Nghị định số 181/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/07/2025 và quy định chi tiết nguyên tắc này tại Điều 23. Tuy nhiên, khi áp dụng tại thời điểm hiện nay, doanh nghiệp cần đồng thời cập nhật nội dung sửa đổi tại Nghị định số 144/2026/NĐ-CP, có hiệu lực từ ngày 20/06/2026.
Thuế GTGT đầu vào dùng chung là gì?
Thuế GTGT đầu vào dùng chung là số thuế phát sinh khi doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ hoặc tài sản phục vụ đồng thời cho:
- Hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT;
- Hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT.
Một số khoản chi phí thường phát sinh thuế GTGT đầu vào dùng chung gồm:
- Tiền thuê văn phòng, nhà xưởng;
- Chi phí điện, nước, Internet;
- Chi phí phần mềm quản lý;
- Dịch vụ kế toán, kiểm toán, tư vấn;
- Chi phí quảng cáo thương hiệu chung;
- Văn phòng phẩm và công cụ dụng cụ;
- Chi phí sửa chữa, bảo trì tài sản;
- Tài sản cố định sử dụng cho nhiều hoạt động;
- Chi phí quản lý doanh nghiệp không thể xác định riêng cho từng mảng kinh doanh.
Ví dụ, một doanh nghiệp vừa cung cấp dịch vụ chịu thuế GTGT, vừa cung cấp dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế. Hóa đơn thuê trụ sở sử dụng chung cho toàn doanh nghiệp sẽ được xác định là hóa đơn đầu vào dùng chung.
Nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Theo khoản 2 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, tài sản cố định và dịch vụ sử dụng đồng thời cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế chỉ được khấu trừ đối với phần sử dụng cho hoạt động chịu thuế GTGT.
Doanh nghiệp cần phân loại thuế GTGT đầu vào thành ba nhóm.
Thuế đầu vào sử dụng riêng cho hoạt động chịu thuế
Nếu doanh nghiệp xác định được hàng hóa, dịch vụ mua vào chỉ phục vụ hoạt động chịu thuế GTGT thì số thuế đầu vào này được kê khai khấu trừ theo quy định, với điều kiện có đầy đủ hóa đơn, chứng từ và đáp ứng các điều kiện khấu trừ.
Ví dụ, doanh nghiệp mua nguyên vật liệu chỉ sử dụng để sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT. Thuế đầu vào của nguyên vật liệu này được xác định riêng cho hoạt động chịu thuế.
Thuế đầu vào sử dụng riêng cho hoạt động không chịu thuế
Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ chỉ phục vụ hoạt động không chịu thuế GTGT không được khấu trừ.
Doanh nghiệp phải hạch toán riêng khoản thuế này, không đưa vào chỉ tiêu thuế GTGT đầu vào được khấu trừ trên tờ khai.
Thuế đầu vào sử dụng chung
Nếu hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ đồng thời cả hoạt động chịu thuế và không chịu thuế, doanh nghiệp phải ưu tiên hạch toán riêng.
Trường hợp không thể hạch toán riêng, số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ phải xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu chịu thuế GTGT và tổng doanh thu bán ra trong kỳ tính thuế.
Công thức phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung
Tỷ lệ thuế GTGT đầu vào dùng chung được khấu trừ được xác định như sau:
Tỷ lệ được khấu trừ = Doanh thu thuộc nhóm được tính vào doanh thu chịu thuế GTGT / Tổng doanh thu bán ra trong kỳ tính thuế
Số thuế GTGT đầu vào dùng chung được khấu trừ:
Thuế GTGT được khấu trừ = Thuế GTGT đầu vào dùng chung × Tỷ lệ được khấu trừ
Phần thuế GTGT đầu vào dùng chung không được khấu trừ:
Thuế GTGT không được khấu trừ = Thuế GTGT đầu vào dùng chung − Thuế GTGT đầu vào dùng chung được khấu trừ
Doanh thu và thuế GTGT dùng để phân bổ phải được xác định trong cùng kỳ kê khai thuế của doanh nghiệp, có thể là tháng hoặc quý tùy theo phương pháp kê khai đang áp dụng.
Xác định doanh thu chịu thuế để đưa vào tử số
Doanh thu chịu thuế GTGT thông thường bao gồm doanh thu bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ thuộc các mức thuế suất GTGT đang áp dụng, gồm cả hoạt động áp dụng thuế suất 0%.
Kể từ ngày 20/06/2026, Nghị định số 144/2026/NĐ-CP bổ sung quy định: doanh thu dùng để xác định phần được khấu trừ còn bao gồm doanh thu của hàng hóa không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo khoản 1 Điều 5 Luật Thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung.
Đây là điểm doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý vì:
- Hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT không được đưa vào doanh thu chịu thuế để tính tử số;
- Hàng hóa không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT thuộc trường hợp pháp luật quy định có thể được đưa vào nhóm doanh thu dùng để xác định phần thuế đầu vào được khấu trừ.
Hai khái niệm này có cách xử lý khác nhau và không nên gộp chung chỉ vì trên hóa đơn không thể hiện số thuế GTGT đầu ra.
Xác định tổng doanh thu trong mẫu số
Tổng doanh thu bán ra dùng làm mẫu số bao gồm:
- Doanh thu của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT;
- Doanh thu của hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT;
- Các khoản doanh thu hoặc giá trị gia tăng đặc thù được quy định tại điểm a khoản 2 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung.
Riêng với tổ chức tín dụng, chi nhánh ngân hàng nước ngoài, hoạt động chứng khoán và kinh doanh bảo hiểm, doanh thu được xác định theo pháp luật chuyên ngành tương ứng.
Doanh nghiệp cần sử dụng doanh thu chưa có thuế GTGT để bảo đảm số liệu giữa tử số và mẫu số được xác định trên cùng một cơ sở.
Ví dụ phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung
Trong quý II/2026, Công ty A có số liệu như sau:
- Doanh thu hoạt động chịu thuế GTGT: 2,4 tỷ đồng;
- Doanh thu hoạt động không chịu thuế GTGT: 600 triệu đồng;
- Tổng doanh thu bán ra: 3 tỷ đồng;
- Thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng cho hoạt động chịu thuế: 60 triệu đồng;
- Thuế GTGT đầu vào hạch toán riêng cho hoạt động không chịu thuế: 15 triệu đồng;
- Thuế GTGT đầu vào dùng chung không thể hạch toán riêng: 30 triệu đồng.
Tỷ lệ phân bổ thuế GTGT đầu vào dùng chung được khấu trừ:
2,4 tỷ đồng / 3 tỷ đồng = 80%
Thuế GTGT đầu vào dùng chung được khấu trừ:
30 triệu đồng × 80% = 24 triệu đồng
Thuế GTGT đầu vào dùng chung không được khấu trừ:
30 triệu đồng − 24 triệu đồng = 6 triệu đồng
Tổng số thuế GTGT đầu vào Công ty A được kê khai khấu trừ trong kỳ:
60 triệu đồng + 24 triệu đồng = 84 triệu đồng
Số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ gồm:
- 15 triệu đồng hạch toán riêng cho hoạt động không chịu thuế;
- 6 triệu đồng là phần thuế đầu vào dùng chung không được khấu trừ.
Như vậy, tổng số thuế GTGT không được khấu trừ là 21 triệu đồng.
Doanh thu không chịu thuế phát sinh nhưng không có thuế đầu vào dùng chung
Không phải cứ doanh nghiệp có doanh thu không chịu thuế GTGT là phải phân bổ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.
Việc phân bổ chỉ đặt ra đối với phần thuế GTGT đầu vào thực tế sử dụng chung mà doanh nghiệp không thể hạch toán riêng.
Ví dụ:
- Nguyên vật liệu sử dụng riêng cho sản phẩm chịu thuế: được xác định riêng;
- Chi phí sử dụng riêng cho dịch vụ không chịu thuế: không được khấu trừ;
- Tiền thuê văn phòng phục vụ cả hai hoạt động: phải phân bổ nếu không xác định riêng được.
Do đó, doanh nghiệp không nên áp dụng tỷ lệ doanh thu lên toàn bộ thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ. Trước tiên phải tách riêng các khoản xác định được mục đích sử dụng, sau đó mới phân bổ phần còn lại thực sự dùng chung.
Có phải điều chỉnh lại tỷ lệ phân bổ vào cuối năm không?
Khoản 2 Điều 23 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định việc phân bổ theo tỷ lệ doanh thu trong kỳ tính thuế.
Đối với doanh nghiệp đang hoạt động sản xuất, kinh doanh thông thường, điều khoản này không quy định một thủ tục riêng bắt buộc phải tính lại tỷ lệ cả năm để điều chỉnh toàn bộ số thuế đã phân bổ theo từng tháng hoặc quý. Đây là điểm khác với cách xử lý theo một số quy định trước đây.
Nội dung điều chỉnh theo thời gian nhiều năm được Nghị định quy định riêng cho trường hợp dự án đầu tư đồng thời phục vụ hoạt động chịu thuế và không chịu thuế. Cách hiểu này được rút ra trực tiếp từ cấu trúc khoản 2 Điều 23: nguyên tắc chung áp dụng theo từng kỳ tính thuế, trong khi cơ chế điều chỉnh ba năm chỉ dành cho dự án đầu tư.
Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp phát hiện doanh thu hoặc số thuế đầu vào của kỳ trước bị kê khai sai, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện kê khai bổ sung theo pháp luật về quản lý thuế.
Trường hợp đặc biệt đối với dự án đầu tư
Đối với dự án đầu tư vừa phục vụ hoạt động chịu thuế GTGT vừa phục vụ hoạt động không chịu thuế GTGT, số thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản được tạm khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu trong phương án sản xuất, kinh doanh.
Sau khi dự án phát sinh doanh thu, doanh nghiệp phải điều chỉnh số thuế đã tạm khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu thực tế trong ba năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu.
Nếu kết quả điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT đã được hoàn, doanh nghiệp phải nộp lại phần thuế chênh lệch giảm vào ngân sách nhà nước theo quy định.
Doanh nghiệp cần phân biệt trường hợp này với việc phân bổ chi phí dùng chung trong hoạt động kinh doanh thường xuyên. Cơ chế điều chỉnh ba năm không áp dụng đại trà cho mọi doanh nghiệp có đồng thời doanh thu chịu thuế và không chịu thuế.
Các khoản chi nào nên được hạch toán riêng?
Để hạn chế số thuế đầu vào phải phân bổ, doanh nghiệp nên xây dựng hệ thống mã chi phí hoặc trung tâm chi phí cho từng hoạt động.
Các khoản có thể hạch toán riêng gồm:
- Nguyên vật liệu trực tiếp;
- Hàng hóa mua vào để bán;
- Chi phí gia công;
- Chi phí vận chuyển theo từng hợp đồng;
- Chi phí quảng cáo riêng từng sản phẩm;
- Máy móc chuyên dùng;
- Nhân công thuê ngoài theo từng hoạt động;
- Chi phí sửa chữa tài sản sử dụng riêng;
- Phần mềm hoặc dịch vụ chỉ phục vụ một bộ phận.
Các khoản thường khó hạch toán riêng gồm:
- Tiền thuê trụ sở chung;
- Điện, nước và Internet văn phòng;
- Chi phí quản lý doanh nghiệp;
- Dịch vụ kế toán, kiểm toán;
- Chi phí phần mềm quản trị chung;
- Văn phòng phẩm;
- Tài sản sử dụng đồng thời cho nhiều bộ phận.
Hạch toán riêng càng đầy đủ thì kết quả khấu trừ càng phản ánh đúng thực tế sử dụng, đồng thời giảm rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.
Những sai sót doanh nghiệp thường gặp
Phân bổ toàn bộ thuế đầu vào
Nhiều doanh nghiệp áp dụng tỷ lệ doanh thu cho toàn bộ số thuế GTGT đầu vào trong kỳ mà không tách khoản sử dụng riêng. Việc này có thể làm giảm quyền khấu trừ đối với các chi phí hoàn toàn phục vụ hoạt động chịu thuế.
Khấu trừ toàn bộ thuế đầu vào dùng chung
Một số doanh nghiệp cho rằng chỉ cần hóa đơn hợp pháp là được khấu trừ toàn bộ. Tuy nhiên, nếu chi phí phục vụ cả hoạt động chịu thuế và không chịu thuế thì chỉ phần tương ứng với hoạt động chịu thuế mới được khấu trừ.
Nhầm giữa không chịu thuế và không phải kê khai, tính nộp thuế
Đây là sai sót có thể làm thay đổi trực tiếp tỷ lệ phân bổ. Doanh nghiệp cần phân loại từng khoản doanh thu dựa trên đúng bản chất pháp lý, không chỉ căn cứ vào việc hóa đơn có thể hiện thuế suất hay không.
Sử dụng doanh thu đã bao gồm thuế GTGT
Nếu tử số hoặc mẫu số sử dụng doanh thu đã có thuế, tỷ lệ phân bổ có thể bị sai lệch. Doanh nghiệp nên thống nhất sử dụng doanh thu chưa có thuế GTGT.
Không lưu bảng tính phân bổ
Dù số liệu đã được kê khai trên tờ khai thuế, doanh nghiệp vẫn nên lập và lưu bảng phân bổ chi tiết, thể hiện:
- Danh sách hóa đơn đầu vào dùng chung;
- Số thuế GTGT đầu vào cần phân bổ;
- Doanh thu chịu thuế;
- Doanh thu không chịu thuế;
- Tổng doanh thu;
- Tỷ lệ phân bổ;
- Số thuế được khấu trừ và không được khấu trừ.
Hồ sơ doanh nghiệp nên chuẩn bị
Để chứng minh cách xác định thuế GTGT đầu vào, doanh nghiệp nên lưu giữ:
- Hóa đơn, chứng từ mua hàng hóa và dịch vụ;
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nếu thuộc trường hợp bắt buộc;
- Hợp đồng kinh tế và tài liệu nghiệm thu;
- Sổ chi tiết tài khoản thuế GTGT đầu vào;
- Bảng phân loại hóa đơn theo từng hoạt động;
- Bảng tính tỷ lệ phân bổ từng tháng hoặc quý;
- Bảng đối chiếu doanh thu với tờ khai thuế;
- Quy chế hoặc nguyên tắc phân bổ chi phí nội bộ;
- Hồ sơ chứng minh mục đích sử dụng của tài sản, hàng hóa và dịch vụ.
Các bảng tính nên được lập đồng thời với kỳ kê khai, tránh đến khi quyết toán hoặc thanh tra thuế mới tập hợp lại.
Kết luận
Khi doanh nghiệp đồng thời có hoạt động chịu thuế và không chịu thuế GTGT, thuế GTGT đầu vào cần được xử lý theo thứ tự:
Bước 1: Hạch toán riêng thuế đầu vào phục vụ hoạt động chịu thuế.
Bước 2: Hạch toán riêng thuế đầu vào phục vụ hoạt động không chịu thuế.
Bước 3: Chỉ phân bổ phần thuế đầu vào thực sự dùng chung và không thể hạch toán riêng.
Bước 4: Xác định tỷ lệ phân bổ theo doanh thu trong kỳ tính thuế.
Bước 5: Lưu bảng tính, hóa đơn, chứng từ và tài liệu chứng minh cách phân loại.
Doanh nghiệp cũng cần cập nhật Nghị định số 144/2026/NĐ-CP từ ngày 20/06/2026, đặc biệt là quy định đưa doanh thu hàng hóa không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT thuộc trường hợp luật định vào doanh thu dùng để xác định phần thuế đầu vào được khấu trừ.
Bài viết có tính chất tham khảo. Việc xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ cần căn cứ vào ngành nghề, hồ sơ, chứng từ và bản chất giao dịch thực tế của từng doanh nghiệp.